Hacia el año 530 a.C., el filósofo Pitágoras de Samos fundó una escuela de filosofía en Crotona, en la Magna Grecia, al sur de Italia, que fue más religiosa y mística que la escuela jónica. Pretendía conciliar la antigua visión mítica del mundo con el creciente interés por la explicación científica. El sistema de filosofía resultante, que se conoció como pitagorismo, aunó las creencias éticas, sobrenaturales y matemáticas en una visión espiritual de la vida. Los pitagóricos enseñaron y practicaron un sistema de vida basado en la creencia de que el alma es prisionera del cuerpo, del cual se libera al morir y se reencarna en una forma de existencia, más elevada o no, en relación con el grado de virtud alcanzado. El principal propósito de los seres humanos tendría que ser la purificación de sus almas mediante el cultivo de virtudes intelectuales, la abstención de los placeres de los sentidos y la práctica de diversos rituales religiosos. Los pitagóricos, que descubrieron las leyes matemáticas del tono musical, dedujeron que el movimiento planetario produce una “música de las esferas” y desarrollaron una “terapia a través de la música” para lograr que la humanidad encontrara su armonía con las esferas celestes. Identificaron la ciencia con las matemáticas y mantuvieron que todas las cosas son reductibles a números y figuras geométricas. Realizaron grandes contribuciones a las matemáticas, la teoría musical y la astronomía.
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